Le Grand Prix moto du Japon 1999 est la deuxième manche du championnat du monde de vitesse moto 1999. La compétition s'est déroulée du 23 au sur le circuit de Motegi.
C'est la 19e édition du Grand Prix moto du Japon. Il s'agit du dernier Grand Prix moto de Michael Doohan.
Classement des 500 cm3
Classement des 250 cm3
Classement des 125 cm3
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